Disney-Clipart

 Die vier New Yorker Zootiere Alex der Löwe, Marty das Zebra, Melman die Giraffe und Gloria das Nilpferd, die im Vorgängerfilm auf Madagaskar gestrandet waren, beschließen, wieder nach New York zurückzukehren. Ihre Gastgeber, die Lemurenkolonie unter dem verrückten King Julien, und die aus dem Vorgängerfilm bekannte schlagkräftige Pinguin-Gang helfen ihnen, ein seit Jahrzehnten dort liegendes Flugzeugwrack wieder flottzumachen. Aus Treibstoffmangel muss die Gruppe nach kurzer Flugzeit in Afrika bruchlanden. Sie landen in einem Tierreservat, dessen einzige Wasserstelle Treffpunkt zahlreicher Arten ist.

Die folgenden Szenen illustrieren die individuellen Anpassungsprobleme der vier Protagonisten an die „alte Heimat": Marty lernt eine Herde von optisch identischen Artgenossen kennen und glaubt frustriert, seine Einzigartigkeit verloren zu haben. Alex findet seine Eltern wieder, kann jedoch die Aufnahmeprüfung für das Rudel nicht bestehen, weil er denkt, es wäre ein Tanzwettbewerb (und kein Zweikampf) und muss deshalb aus dem Rudel verbannt werden. Gloria lernt mit „Moto Moto" einen attraktiven, aber eher unromantischen Nilpferdbullen kennen. Melman, der Gloria verzehrend aber heimlich liebt, zieht sich darum zurück, entwickelt eine neue eingebildete Krankheit und wartet auf den Tod. Die Pinguine - als einzige völlig unbeeindruckt von Afrika - sammeln inzwischen Bodenschätze, stehlen Geländewagen von den Touristen und bauen aus den Fahrzeugteilen ein neues Flugzeug zusammen.

Die Situation am Wasserloch eskaliert, als die von ihren Fahrzeugen getrennten Touristen die Wasserzufuhr zum Reservat unterbrechen (dabei werden sie von der alten New Yorker Dame angeführt, die sich schon im ersten Film in der Grand Central Station mit dem Löwen Alex furchtlos angelegt hatte). King Julien empfiehlt, einen von ihnen in den Vulkan zu werfen und durch dieses Opfer den Wassergott freundlich zu stimmen und so das Wasser zurückzubekommen. Der liebeskranke Melman (der wegen seiner eingebildeten Krankheit sowieso glaubt, nicht mehr lange leben zu können) meldet sich daraufhin freiwillig als Opfer. Gerade noch rechtzeitig hat er Gloria seine Liebe gestanden, die ihm dann auch in letzter Sekunde vor dem Fall in den Vulkan retten kann. Alex entdeckt den Staudamm der Touristen und zerstört ihn mit Hilfe der Pinguine und ihrem Flugzeug. Alex und seinem Vater gelingt es auch durch einen Trick, den zwischenzeitlichen Rudelführer Makunga wieder zu entmachten und ihre Ehre und Stellung im Rudel zurück zu erlangen. Nachdem er Marty unter hunderten von Zebras wieder erkannt hat, ist auch die alte Freundschaft zwischen Löwe und Zebra wieder gerettet.

Zum Schluss bleiben alle (vorerst) in Afrika. Skipper heiratet seine geliebte Puppe und zusammen mit den anderen Pinguinen und den Schimpansen fliegen sie mit dem Flugzeug (und einer Ladung Gold und Diamanten) in die Flitterwochen nach Monte Carlo.

 Während die New Yorker Zootiere am Weihnachten noch auf Madagaskar waren, stürzte der Weihnachtsmann mit seinen Schlitten über Madagaskar ab. Der Weihnachtsmann kann sich an nichts mehr erinnern. Alex, Marty, Melman und Gloria wollen deshalb alle Geschenke an die Menschen abliefern, die eigentlich der Weihnachtsmann bringen sollte. Doch die Rentiere weigern sich, da sie nur Aufträge vom Weihnachtsmann annehmen. So übernehmen die Pinguine diesen Auftrag, mithilfe des magischen Staubes vom Weihnachtsmann, der die Rentiere flugfähig gemacht hat. Alex, Marty, Melman, Gloria und die Pinguine liefern die Geschenke nach und nach aus. Währenddessen feiert Julian den Julianuar, ein Tag, an dem alle Lemuren ihm was schenken. Doch der Weihnachtsmann hatte kein Geschenk. Er nahm einen Zweig eines Baumes und schnitze mit den Fingern daraus eine Holzlokomotive. Als die anderen Lemuren das sahen, wollten sie auch eine. Doch als Julian das sah, wurde er wütend und nahm alle seine Geschenke weg. Als Alex & Co. fertig waren, hatten sie nur noch so viel Staub, dass sie es nur nach New York oder nach Madagaskar schaffen. Trotzdem entscheiden sie sich für Madagaskar. Doch Julian war weiterhin nicht glücklich. Der Weihnachtsmann schlägt ihm vor jemand anderen zu beschenken, was er dann auch tut. Doch nachdem er Mort eine Kokosnuss geschenkt hatte, stürzten Alex, Marty, Melman, Gloria und die Pinguine in Madagaskar ab und landeten auf dem Weihnachtsmann. Der bekommt sein Gedächtnis wieder und fliegt wieder weg von Madagaskar.