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In der Schule war Peter Parker schüchtern und unbeliebt. Die Tatsache, dass er ein Fan der Naturwissenschaften war und eine dicke Brille trug, machten ihn zum ständigen Ziel von Streichen und Beschimpfungen. Beim Besuch eines Forschungsinstituts wurde er von einer radioaktiven Spinne gebissen und entwickelte danach verschiedene Superkräfte: die proportional vergrößerte Kraft, die Geschwindigkeit und Wendigkeit einer Spinne, die Fähigkeit, Wände zu erklettern und einen besonderen Gefahrensinn, den „Spinnensinn“.

Zusätzlich erfindet und entwickelt Parker "Netzsprüher" mit der dazugehörenden Netzflüssigkeit. Diese erlauben ihm, eine ganze Reihe verschiedenartiger Netze zu spinnen. Dünne elastische Fäden, um durch die Wolkenkratzerschluchten Manhattans zu schwingen, aber auch stabile Netze zum Schutz oder um Verbrecher einzuschnüren.

Peter Parker nimmt die Identität von Spider-Man zunächst an, um als Wrestler Geld zu verdienen. Bei einem seiner Auftritte beobachtet er einen Diebstahl. Trotz seiner überragenden Fähigkeiten behindert Spider-Man den Dieb nicht, weil ihn die Sache nichts angeht. Kurz danach erfährt Peter beim Nachhausekommen von einem Polizisten, dass sein Onkel von einem Verbrecher auf der Flucht ermordet wurde und dass sie diesen in einem schwer zugänglichen Lagerhaus gestellt haben. Mit Wut im Bauch verwandelt er sich in Spider-Man und sucht dieses Lagerhaus auf. Am Gebäude angekommen umgeht er die Polizeisperren und findet den Täter. Schockiert erkennt er den Dieb von der Wrestling-Veranstaltung wieder und kommt zum Schluss: „Aus großer Kraft folgt große Verantwortung“ (englisch: "with great power comes great responsibility"). Fortan widmet er sich der Verbrecherjagd.

Obwohl der Tod einer geliebten Person ein häufiges Motiv für Superhelden ist, wird Spider-Man eher von seinem Gewissen getrieben als von Rache. Spider-Man versucht, das Gesetz zu unterstützen und wird dennoch von vielen mit Argwohn betrachtet und selbst oft für kriminell gehalten. Die negative Presse stammt von einer Kampagne des Zeitungsverlegers J. Jonah Jameson (J.J.J.), dem Verleger des Daily Bugle. Ironischerweise arbeitet Peter Parker als freier Fotograf für Jameson, er liefert ihm Exklusivfotos von Spider-Man.

Peter Parker wurde von Stan Lee und Steve Ditko zu Beginn als Durchschnittsfigur, bisweilen auch als Streber, konzipiert.

Die Spider-Man Comicserie beschäftigt sich meist mit Peters ausgeprägtem Verantwortungssinn und seinen Schuldgefühlen. Erst im 21. Jahrhundert gelang es dem Autor J. Michael Straczynski, die Figur längerfristig aus seiner Dauerdepression zu befreien, indem Tante May seine wahre Identität herausfand. Dennoch bleibt Peters Verantwortungssinn ein Hauptthema. Dieser Verantwortungssinn macht ihn auch mehr zum Helden als alle seine Superkräfte, denn oft kommen diese an ihre Grenzen und Spider-Man muss unter größten Schwierigkeiten (privat und „beruflich“) die Lage retten.

 Die Spider-Man-Comics sind echte Fortsetzungsgeschichten, im Laufe der Zeit verwirren sich die Fäden der Geschichte. Peter Parker wohnt bis zu seinem Schulabschluss bei seiner Tante May und arbeitet nebenbei als freier Fotograf für den Daily Bugle.

Danach besuchte er die erfundene „Empire State University“. Während dieser Zeit lebt er mit seinem ehemaligen Highschool-Kameraden und Freund Harry Osborn zusammen. Harry ist der Sohn des Grünen Kobolds, eines Erzfeindes von Spider-Man. An der Universität lernt er Gwen Stacy kennen, mit der er eine längere Liebesbeziehung hat, bis sie vom Grünen Kobold von der Washington Bridge geworfen wird und stirbt (die Erklärung zum Tod Gwen Stacys findet sich im Buch "die Physik der Superhelden"). Peter Parker heiratet schließlich seine langjährige Freundin, Model und Gelegenheitsschauspielerin Mary Jane Watson. Trotz Heirat gibt Peter Parker seine Geheimidentität als Spider-Man nicht auf. Die Belastung durch seine Doppelidentität, die stürmische Karriere von Mary Jane und launische redaktionelle Aufträge führten sogar zur zeitweiligen Trennung.

Inzwischen ist er mit Mary Jane wieder zusammen. Im Laufe des großen Marvel-Crossovers Civil War enthüllte Spider-Man seine Doppelidentität, um sich wie von der Regierung gefordert als Superheld zu registrieren. Er schloss sich aber kurz darauf der von Captain America geführten Kontra-Registrierungsseite an, weshalb seine Familie aus dem kürzlich bezogenen Stark-Tower ausziehen musste, als alle drei als Verbrecher eingestuft wurden und Peter seinen Job als Naturkundelehrer an seiner alten High School aufgeben musste. Als Konsequenz der Demaskierung setzten Schurken zudem einen Attentäter auf Peter Parker an. Zum Opfer fiel diesem jedoch Peters Tante. Im schwarzen Kostüm verübte er grausame Rache an Kingpin. Er bat seinen alten Gönner Tony Stark (Iron Man) um Hilfe, doch das Ende seiner Tante war nicht mehr zu verhindern. Durch den Dämon Mephisto opferte er in "Noch ein Tag" (Spider-Man: One more Day) seine Ehe mit Mary Jane, um May zu retten. Die Zeit wurde zurückgedreht, Mary Jane war aus seinem Leben verschwunden, Harry Osborn lebte wieder, die Welt konnte sich nicht an den Civil War erinnern, auch Peter konnte sich an nichts mehr erinnern. Eine neue Ära, ein neuer Status quo wurde gesetzt. Die Abenteuer laufen in der Serie Spider-Man: A Brand New Day.